После событий первой части Шрэк и Фиона наконец обрели своё счастье и живут вместе в своём уютном болоте. Однако их медовый месяц неожиданно прерывается, когда влюблённым приходит приглашение от родителей девушки, короля и королевы королевства Далёкого-далёкого, которые хотят познакомиться с мужем своей дочери и отметить её возвращение. Но близкие Фионы до сих пор не знают, что их дочь изменилась навсегда: её облик теперь навечно связан с жизнью огра. Более того, они ещё не знают, что их новый зять — тоже огр.
Неохотно согласившись на визит, молодожёны и их верный спутник Осёл отправляются в Далёкое-далёкое. Однако прибытие зелёного великана в царство становится настоящим культурным шоком как для родственников девушки, так и для самого огра. Гарольд не скрывает своего разочарования и подумывает о том, как избавиться от нежелательного зятя. Эти обстоятельства приводят к конфликту между супругами: он начинает бояться, что ей будет лучше без него, среди людей.
Чтобы устранить нашего героя, отец принцессы тайно объединяется с могущественной и хитроумной Феей-крёстной. У неё свои мотивы: она хочет, чтобы мужем Фионы стал её сын — самовлюблённый и нарциссический Принц Чарминг. Фея использует свои магические силы и коварные планы, чтобы разделить молодоженов и дать Чармингу шанс на её сердце.
Тем временем Шрэк, чувствуя себя неуместным в людском окружении и не соответствующим мнению царя и царицы, решает радикально изменить себя, чтобы оправдать их ожидания и доказать свою любовь к Фионе. Вместе с Ослом он идёт в лавку волшебных зелий, которой управляет Фея-крёстная. Там ему удаётся найти снадобье, которое временно превращает его в привлекательного мужчину, а Фиону в её человеческий облик.