После событий "Инопланетной сверхсилы" Бен Теннисон решает двигаться дальше без помощи своей постоянной команды. Кевин и Гвен уходят из основной группы, чтобы сосредоточиться на своей личной жизни, а подросток остаётся один, но ненадолго. Новый напарник героя, грубоватый, но опытный инопланетный оперативник Рук Бланко, присоединяется к нему. Вместе они образуют свежий дуэт, полагающийся на многочисленные способности Омнитрикса и тактическую смекалку.
На этот раз перед Беном встаёт угроза, которую представляет могущественный злодей — Кайбер, профессиональный охотник за головами, стремящийся завладеть Омнитриксом. Помимо этого, на горизонте появляется тайная организация внеземных преступников под названием Нулевое Пространство, а также старые враги, такие как Доктор Психбосс и Малверн. Но самым коварным антагонистом становится зловещий искусственный интеллект Малвар, который служит главной угрозой для всей вселенной.
Погружаясь глубже в тайны прибора, юноша открывает множество новых форм инопланетян, а вместе с этим выясняются секреты самого устройства. Кроме того, сериал проводит эмоциональное и историческое исследование, акцентируя внимание на прошлом семьи Теннисонов и разъясняя загадочные эпизоды из жизни нашего героя. Персонажи сталкиваются с последствиями своих действий и узнают больше о разнообразии внеземной жизни, путешествуя не только по Земле, но и по далёким мирам.