Действие мультика разворачивается в загадочном мире, где поток воды — не просто природное явление, а важный метафорический символ, соединяющий все живые существа и составляющие экосистемы. История начинается с того, как маленький мальчик по имени Нилс, живущий в тихом прибрежном поселке, сталкивается с неожиданным событием: река, которая всегда была его другом и местом для раздумий, начинает терять свою силу и исчезать.
Когда ребенок замечает, что вода в реке начинает уходить, он решает отправиться в путешествие, чтобы понять, что происходит. На своем пути он встречает различных обитателей — как людей, так и животных, которых соединяет общая проблема — истощение природных ресурсов и загрязнение окружающей среды. На протяжении странствия Нилс знакомится с мудрыми стариками, загадочными существами, которые пытаются восстановить баланс природы, и животными, страдающими от человеческой деятельности.
Однако всё, что происходит в этом мире, связано с самим течением речки. Чем меньше водной жидкости, тем более напряженными становятся отношения между людьми и природой. Герой вскоре понимает, что только общими усилиями, взаимопомощью и глубоким пониманием цикличности жизни можно вернуть мир к его естественному состоянию.