Сюжет мультика начинается с таинственных событий: команда ученых, которые проводят исследования в Карибском регионе, внезапно сталкивается с аномальными явлениями — странные волны и разрушительные вибрации угрожают затопить близлежащие острова и нанести ущерб экосистеме. Белка и Стрелка, как опытные исследователи и защитники всего, что связано с Землей, получают задание выяснить причину этих пугающих событий. Вместе с ними в экспедицию по тропическим водам отправляются их верные друзья: жизнелюбивый и смекалистый щенок Пушок, неугомонная морская свинка Веня и мудрый капитан Казбек.
Во время своего расследования команда встречает множество препятствий. Их путь пролегает через бурные океанические волны, загадочные острова и живописные коралловые рифы, таящие как красоту, так и опасность. Героям предстоит не только раскрыть тайну аномалий, но и пересечься с неожиданными союзниками — морскими обитателями, которые также оказались в беде. В то же время на горизонте появляются новые враги, чьи планы угрожают разрушить хрупкую гармонию природы.
Ключевая развязка происходит, когда группа Белки и Стрелки раскрывает настоящий источник опасности — разрушительные действия подводного устройства, создающего искусственные вибрации и изменяющего течение моря. Это открытие приводит героев к истинному злодею, чей замысел несет угрозу не только Карибам, но и всей планете. Персонажам приходится объединить все свои силы, смекалку и храбрость, чтобы остановить катастрофу и спасти окружающий мир.