После победы над Высшими пришельцами Бен Теннисон стал настоящей знаменитостью. Его геройские подвиги больше не тайна: личность мальчика раскрыта всему миру, что неизбежно изменяет его жизнь. Теперь человечество знает, что подросток с супергеройскими способностями стоит на защите Земли. Но вместе с популярностью герой также сталкивается с вызовами: одни люди восхищаются его поступками, другие же считают угрозой, не доверяя тому, что инопланетные силы пребывают в руках молодого человека.
Тем временем главный гаджет Бена, Омнитрикс, был заменён более усовершенствованным устройством — Ультиматриксом. Этот прибор не только позволяет подростку продолжать превращаться в различных инопланетян, но и предоставляет доступ к "Ультимативным Формам" некоторых из них — более мощным и эволюционировавшим версиям существ. Однако Ультиматрикс оказывается не просто инструментом, а загадочным устройством со своей сложной историей, что становится одним из центральных элементов сюжета.
Новая угроза не заставляет себя ждать. Главным антагонистом первой арки является Агрегора — могущественный осмосианин, одержимый целью собрать энергию пяти уникальных инопланетян, известных как Экзотерриторианцы. С каждой новой атакой Агрегора становится ещё сильнее, что вынуждает героя, его кузину Гвен и их друга Кевина объединить силы, чтобы остановить злодея. Но даже после победы над ним приключения команды продолжаются: враги стали опаснее, а их планы куда более амбициозными. Так, одним из самых коварных врагов сериала является Диагон, древнее инопланетное зло, стремившееся покорить Вселенную.
