После победы над Шреддером клан Фут кажется разгромленным, а Нью-Йорк возвращается к мирной жизни. Черепашки вместе со своим наставником Сплинтером временно обосновываются в квартире их подруги и союзницы Эйприл О’Нил. Однако их незаметная жизнь недолговечна. Шреддер, чудом выживший после поражения, собирает остатки клана Фут и начинает готовиться к мести. Он решает выяснить, кто на самом деле стоит за превращением Черепашек в мутантов, чтобы использовать этот секрет в своих целях.
Оказывается, что мутаген, превративший обыкновенных черепах и Сплинтера в разумных существ, был создан некогда компанией TGRI в результате промышленного эксперимента. Именно этот мутаген стал ключом ко всему необычному у наших героев. В ходе расследования Донателло и его братья обнаруживают следы этого вещества и пытаются докопаться до правды о своем происхождении. Однако Шреддер тоже добирается до источника вещества и удерживает учёного профессора Джордана Перри, работающего в TGRI, с целью разработать собственных мутантов.
Используя оставшуюся смесь, злодей создаёт новых монстров — супермутантов Токку (суперсильного черепахоподобного чудища) и Раззара (свирепого волкоподобного создания). Эти существа становятся серьёзной угрозой для наших телегероев, так как их сила и размеры значительно превосходят возможности братьев. Тем не менее, несмотря на своё могущество, Токка и Раззар не отличаются умом, что даёт персонажам шанс вступить в бой, применяя свой боевой опыт и командную работу.
Герои объединяются с Кейси Джонсом и другом Кено, молодым разносчиком пиццы, который оказывается смелым бойцом и незаменимым помощником. Совместно с ним они стремятся предотвратить планы злодея, стремящегося разрушить Нью-Йорк с помощью своих новых чудовищ.
