Основная сюжетная линия новой версии начинается с того, что четверка братьев живут в канализациях Нью-Йорка. Они были воспитаны их мудрым наставником — мутировавшей крысой по имени Сплинтер. Он обучал их искусству ниндзя, чтобы помочь Черепашкам выжить и защитить город от зла.
Каждый из братьев имеет свои уникальные способности и характер. Леонардо — преданный и дисциплинированный лидер, Рафаэль — импульсивный и агрессивный боец, Донателло — интеллектуал и мастер технологий, а Микеланджело — веселый и беззаботный шутник. Именно их различия и сильные стороны позволяют героям дополнять друг друга, образуя сильную команду.
В ходе сериала Черепашки-ниндзя сталкиваются с различными нарушителями спокойствия Нью-Йорка. Однако их главным противником является Шреддер, могущественный и коварный лидер клана футов. Он представляет серьезную угрозу, поскольку он не только сам профессиональный боец, но и обладает сетью преданных ему шпионов и воинов.
По мере развития сюжета Черепашки обнаруживают, что их злейший враг связан с древней инопланетной расой утромов, и его истинные цели намного более глобальны, чем простое завоевание города. Благодаря этому открытию братья становятся участниками многочисленных приключений, включающих в себя путешествия в другое измерение, где они встречают союзников и врагов с самыми разнообразными способностями и мотивациями.
Среди новых персонажей стоит выделить Кейси Джонса — простого, но благородного уличного борца, который становится близким другом и союзником Черепах. Также герои завязывают дружбу с Эйприл О'Нил, умной и энергичной журналисткой, которая помогает им разведывать информацию и поддерживает на пути к справедливости.
