Сюжет начинается с того, что двенадцатилетний Бен Теннисон стремится как можно скорее завершить свою скучную школьную жизнь и отправиться в новые приключения. Однако неприятности появляются именно в тот момент, когда он меньше всего этого ожидает. Из-за своего упрямства и нежелания соблюдать правила подросток конфликтует с дедом Максом и кузиной Гвен. Эти разногласия обостряют и без того непростую ситуацию.
Тем временем роль Омнитрикса в жизни Бена становится все более сложной. Устройство начинает работать нестабильно – оно произвольно активируется, вызывая хаос и разрушения. В стремлении разобраться с проблемой и найти решение герой решает обратиться за помощью к галактическому эксперту – Азимуту, создателю Омнитрикса. Однако его планы нарушает внезапное нападение загадочного и чрезвычайно мощного пришельца по имени Телониус, который стремится уничтожить мальчика, не объясняя причины.
Пытаясь сбежать от своего преследователя, наш герой отправляется в опасное межгалактическое путешествие, где он сталкивается с неожиданными опасностями и узнаёт больше о своих силах и их возможностях. В это время дядя Макс и Гвен объединяют усилия, чтобы помочь ему и выяснить, что же стоит за атакой таинственного врага.
Путешествие приводит его к Осмозийской Земле (мир, связанный с пришельцем Кевином Левином) и другим опасным уголкам галактики. Здесь он осознаёт, что Телониус не просто враг, а часть цепочки загадочных событий, которые напрямую связаны с дисфункцией прибора. Чтобы спасти свою команду, свою семью и самого себя, юноша вынужден раскрыть все тайны устройства и найти способ остановить недруга, прежде чем он нанесет непоправимый урон.
