События начинают разворачиваться в уже знакомом подводном городке Бикини Боттом, где всё, как всегда, идёт своим необычным чередом. Губка Боб, Патрик, Сэнди и другие жители города наслаждаются своей повседневной жизнью, наполненной чарующими глупостями и хаосом. Однако спокойные дни исчезают за один миг, когда неведомая сила буквально похищает целый город с его обитателями, оставляя после себя лишь пустое морское дно.
Сэнди Чикс, которая в этот момент оказывается за пределами городка, внезапно остаётся единственным жителем Бикини Боттом, который способен разобраться в мистическом исчезновении. Понимая, что от её действий зависит судьба всех окружающих, героиня отправляется в опасное и полное испытаний путешествие, чтобы спасти своих друзей и вернуть все на место.
Девушка переносит свою лабораторию на поверхность, чтобы разработать план спасения. Она вскоре обнаруживает, что похищение мегаполиса связано с корпорацией, которая хочет использовать обитателей в качестве "живого ресурса" для своих промышленных целей. В процессе расследования она сталкивается с главными антагонистами мультика — людьми с неблагими намерениями, возглавляемыми харизматичным корпоративным лидером.
Спасательная миссия требует от героини применять все её научные знания, изобретательский интеллект и смекалку. Однако она осознаёт, что не сможет справиться одна. Неожиданно рядом с ней появляются её друзья, которые находят способ связаться с ней и поддерживать её на расстоянии. Их дружеская привязанность вдохновляет девушку на борьбу с, казалось бы, непреодолимыми преградами.
