В основу сериала легло столь радикальное событие, получившее название Слияние миров. Могущественные силы начали разрушать привычные границы между измерениями, объединяя их в единое, нестабильное пространство. В результате Слияния множество миров Ниндзяго, вместе с их жителями, территориями, магическими существами и силами, внезапно столкнулись. Это не только привело к хаосу, но и породило новую эпоху – неизведанного, где старые правила больше не работают.
На фоне этих событий драконы, древние и могущественные создания, играют решающую роль. Эти величественные существа теперь оказываются в центре вселенной Ниндзяго, но их существование находится под угрозой. Злодеи, называемые "Охотники на драконов", стремятся подчинить или уничтожить этих зверей ради собственных корыстных целей. Те же являются ключом к будущему мира и символом возрождения баланса — их судьба напрямую связана с миром-Ниндзяго.
Фокус мультсериала смещается к новой группе героев, среди которых Ллойд, ветеран команды оригинальных ниндзя, выступает наставником. Его задача — обучить следующее поколение защитников мира. Центральный акцент делается на двух персонажах: Арине и Суи. Первая — юная девушка с острым умом и независимым духом, которая только начинает постигать тайны боевого искусства и своего потенциала. Второй — молодой добродушный монах, обладающий загадочной связью с магией доисторических созданий. Вместе они начинают свое обучение, вступая в команду ниндзя, чтобы сражаться за справедливость.