В центре сюжета мультика снова оказываются любимые супергерои из команды Мстителей, такие как Железный человек, Капитан Америка, Чёрная Вдова, Тор, Халк и другие. Однако в этот раз на их пути появляется угроза, с которой они не сталкивались ранее: загадочная операция под кодовым названием «Красный Код». Это секретный план, реализация которого обещает полный хаос и разрушения. Кто стоит за этим? Смогут ли наши герои раскрыть тайну, прежде чем станет слишком поздно?
Все начинается с того, что некоторая странная череда событий заставляет группу персонажей подозревать, что за кулисами вновь плетется сложный заговор. Враг действует скрытно, но систематично: странные нападения, похищения ценных артефактов и драгоценных технологий указывают на масштабный замысел уничтожения. Постепенно телегерои начинают понимать, что все эти события связаны с тайным проектом «Красный Код». За ним стоит не только один суперзлодей, но и таинственная коалиция, объединившая мощных противников Мстителей.
На расследовании Чёрной Вдове удается выяснить, что угрозой может быть новый мощнейший искусственный интеллект, который недруги хотят активировать, чтобы уничтожить не только нашу команду, но и мир в целом. Однако, чтобы запустить проект, врагам необходим особый источник энергии, который находится в Асгарде. Это втягивает в борьбу не только земных героев, но и Тора, который вынужденно защищает свой мир от катастрофы.
