Сюжет мультика начинается в живописной итальянской деревушке, где талантливый резчик по дереву Джеппетто живет вместе со своим сынишкой Карло. Их счастливую жизнь прерывает трагическое событие: ребёнок погибает во время бомбардировки военных лет. Мужчина погружается в глубокую скорбь и на долгие годы замыкается в себе.
Однажды, в порыве отчаянной тоски по сыну, Джеппетто вырезает из дерева куклу, которой даёт имя Пиноккио. Однако в ночь создания деревянного мальчика происходит настоящее чудо: посредине волшебного леса появляется Голубая Фея и оживляет куклу, даруя ей силу речи и движения. Так начинается удивительное и поучительное приключение Пиноккио.
На своём пути деревянный ребёнок сталкивается с множеством преград, авантюр и опасностей. Желающий стать настоящим мальчиком, он должен пройти через серию испытаний и узнать, что значит быть по-настоящему человеком. Его сопровождает сверчок по имени Себастьян, который играет роль его совести и наставника.
В мультфильме Гильермо дель Торо особенно подчёркнуты темы борьбы с диктатурой и авторитаризмом: действие происходит на фоне фашистского режима в Италии. Персонаж втягивается в мир жестокости и лжи, где ему приходится учиться стойкости, честности и любви. Он посещает цирк злого и жадного кукольника графа Вольпе и его верного помощника Спаццатуры, где оказывается заперт и вынужден выступать, развлекая сельчан.