Действие мультика начинается в Номе, где Балто, его подруга Дженна и их друзья, включая смешного гуся Бориса и хипстерских медведей Мук и Лук, наслаждаются спокойной жизнью на заснеженных просторах Аляски. Однако спокойствие их существования нарушает появление новой угрозы – прогресс, который пришел в город в виде авиации. Самолет впервые прибывает в наши края, заявляя о себе как о более эффективном способе доставки почты и грузов, чем собачьи упряжки, которые до этого традиционно служили важнейшим транспортным средством.
Эта новость вызывает напряжение среди местных жителей, и в первую очередь — среди упряжных собак. Многие начинают бояться, что они больше не будут нужны, что их место займут быстрые машины и крылатые устройства. В центре этой тревоги оказывается юный вожак упряжки Дасти, пытающаяся доказать, что собаки, как и раньше, незаменимы. Балто, хотя уже не участвует в гонках, не остается в стороне, ведь он понимает чувства своих младших товарищей.
Ситуация обостряется, когда пилот самолета отправляется в свой первый испытательный полет, чтобы доставить важную почту в отдаленный от Нома район. Однако связь прерывается, и становится ясно, что он пропал в дикой местности Аляски. Пока люди теряются в догадках, псы решают, что их шанс доказать свою ценность — отправиться на поиски пропавшего лайнера. Возглавить эту миссию вызывается наш герой, используя свои выдающиеся инстинкты и опыт.
