Балто — метис волка и собаки, который из-за своего происхождения не может найти признания ни среди жителей города, ни среди местных ездовых собак. Его считают странным, непредсказуемым и даже опасным. Но у пса доброе сердце, невероятная интуиция и волчья выдержка. Несмотря на презрение со стороны окружающих, он тайно мечтает доказать свою ценность и завоевать уважение.
Катализатором сюжета становится вспышка эпидемии дифтерии в Номе, поставившая город на грань катастрофы. Болезнь поражает местных детей, а единственная надежда на их спасение — доставка жизненно необходимой вакцины. Но суровые зимние условия делают путь практически невозможным для любых транспортных средств. Единственным выходом становится традиционная доставка по заснеженным трассам с помощью собачьих упряжек.
Когда ведущий саней, самоуверенный пес Стили, терпит неудачу, потеряв команду на сложном маршруте, на помощь приходит Балто. Он возглавляет поисковую операцию и с огромным риском для своей жизни прокладывает путь через опасные ледяные равнины, бурю и горы. Время поджимает, но герой, несмотря на все преграды, находит потерянный отряд, спасает груз с вакциной и, проявив смелость и лидерство, успешно доставляет ценный груз обратно в городок.