События начинают разворачиваться с привычной схватки Соника и его друзей с их главным врагом – доктором Эггманом (также известным как Роботник). Повелитель роботов вновь стремится подчинить себе мир, разрушая всё на своём пути. На этот раз Эггман охотится за Парадоксальной Призмой, древним и загадочным артефактом, обладающим необычайной силой. Наш герой, как всегда, готов дать врагу отпор, действуя импульсивно и уверенно. Однако в попытке помешать планам злодея, Соник неосознанно допускает роковую ошибку.
Разрушив Призмовый Парадокс в ходе битвы, герой вызывает цепь катастрофических событий. Арифметика разрушения проста: трещина в артефакте приводит к уничтожению его собственной реальности и созданию множества альтернативных миров – осколков мультивселенной. Эти мирки, разительно отличающиеся друг от друга, становятся новой ареной для приключений нашего телегероя. Его выбрасывает в одно из этих измерений и он с ужасом осознаёт, что его действия стали причиной разрушения их общего мира.
Каждая из новых реальностей уникальна по своему антуражу, законам и даже характерам персонажей. В одном мире Сон сталкивается с высокотехнологичным городом, которым диктаторски правит Совет Эггманов – группа иных версий самого злодея с разными амбициями и взглядами. В другом – неонаучный город, где его друзья, такие как Тейлз, Эми и Наклз, живут резко преобразованной жизнью, утеряв свои изначальные личности или цели. Каждый из мирков ставит телегероя перед моральным выбором, личным испытанием и шансом исправить свои прошлые ошибки.