Сюжет сосредоточен вокруг команды Людей Икс, мутантов, обладающих исключительными сверхспособностями. Во главе стоит профессор Чарльз Ксавье, наделённый телепатическими талантами. Его мечта — создание мира, где люди и мутанты смогут жить в согласии. Мужчина собирает отряд, в который входят известные персонажи: Росомаха, Циклоп, Шторм, Джин Грей, Зверь, Гамбит и других. Каждый из них имеет свои уникальные умения, которые делают их незаменимыми в борьбе за справедливость.
Основной конфликт мультсериала разворачивается вокруг противостояния Людей Икс с Магнето, мощным героем-мутантом, который считает, что мутировавшие монстры должны править миром, и любой, кто стоит на их пути, будет уничтожен. В отличие от Ксавье, Магнето уверен, что люди никогда не примут чудищ и соблюдение мирного взаимодействия невозможно. Этот конфликт накладывает глубокий психологический и этический слой на приключения группы.
Сериал исследует сложные темы, такие как дискриминация, родство, верность и борьба с предрассудками. Каждый эпизод раскрывает личные драмы и внутренние дилеммы героев, побуждая зрителей задуматься о человеческой природе и социальных проблемах.
В течение пяти сезонов наши телегерои сталкиваются с множеством врагов и препятствий, включая анти-мутантные группы, пришельцев из других миров, могущественных злодеев и даже своих собственных демонов. Они сражаются не только за своё выживание, но и за идеалы, объединяющие их как команду и как семью.