Сюжет разворачивается вокруг Школы для одарённых подростков, основанной профессором Чарльзом Ксавье. Эта академия служит укрытием и учебным заведением для молодых мутантов, которые только начинают осознавать и контролировать свои уникальные способности. Среди учеников - подающая надежды Китти Прайд, неукротимый Роуг, хитроумный Ночной Змей, лидер Циклоп, ветреная Джин Грей и ироничный Спайк. Они учатся под руководством опытных наставников, таких как Шторм, Росомаха и сам профессор Ксавье, чтобы использовать свои силы на благо человечества.
Одним из основных направлений сериала является противостояние между Людьми Икс и Братством Злых Мутантов, которым управляет Магнето. Он, чье лидерство в серии передано другим членам их злобной группы, стремится к доминированию мутировавших монстров над людьми, что создает постоянное напряжение и конфликт с миссией Чарльза о мирном сосуществовании.
На протяжении всего мультсериала персонажи сталкиваются с многочисленными угрозами, от Братства до внезапно появляющихся злодеев вроде Апокалипсиса, старейшего и мощнейшего мутировавшего существа, чьи амбиции обречены на планетарный масштаб. Каждый из телегероев проходит через личные испытания и трудности, обучаясь ответственности, взаимопомощи и лидерству.
Мультик делает акцент на внутреннем росте и развитии героев, уделяя внимание их повседневной жизни и взаимоотношениям. Телесериал мастерски балансирует между школьной драмой и эпическими супергеройскими приключениями, что делает его особенно привлекательным как для подростков, так и для взрослых зрителей.
