Мультик вводит зрителей в альтернативную вселенную, где черепашки открывают в себе новые силы и способности, о существовании которых они даже не подозревали. На этот раз телегерои встречаются не только с традиционными врагами, но и с мистическими угрозами. Вместе со своим наставником Сплинтером они исследуют мир магии и древних артефактов, которые оказываются глубоко связанными с их судьбой.
Черепашки обнаруживают мистические оружия, которые наделяют их необычными способностями и позволяют сражаться с врагами на новом уровне. Рафаэль становится владельцем могущественной молитвенной дубинки, Леонардо получает магический меч, Донателло использует технологический бо-стик, а Микеланджело овладевает таинственными нунчаками. Эти артефакты помогают героям в их миссии по защите Нью-Йорка от разнообразных опасностей и приводят их к пониманию истинной сути ниндзя.
По мере продвижения сюжета персонажи сталкиваются с множеством недругов, включая старших и новейших злодеев. Они вынуждены работать в команде, чтобы противостоять всемогущим противникам и защитить мир от коварных планов злодеев. Вместе с Эйприл О’Нил, которая теперь стала активным участником их приключений, герои идут по следу неприятелей. А также участвуют в комичных и забавных ситуациях, которые делают истории еще более интересными.