После событий оригинального сериала Бен Теннисон решил прекратить использование Омнитрикса и попытался вести нормальную подростковую жизнь. Однако после того, как его дедушка Макс неожиданно исчезает, мальчик понимает, что мир вновь нуждается в герое. Он надевает устройство, которое претерпело изменения за это время, и объединяется со своей двоюродной сестрой Гвен, обладающей магическими силами, чтобы разгадать тайну исчезновения Макса и противостоять угрозе — Высшим пришельцам.
Они — загадочная и враждебная цивилизация, вознамерившаяся захватить Землю. Они применяют особую субстанцию, известную как химера ДНК, чтобы превратить людей в своих послушных солдат. Бен, Гвен и их новый союзник Кевин Левин решают объединить усилия, чтобы остановить вторжение. Кевин, ранее бывший врагом мальчика, теперь становится его соратником, что добавляет командной динамике интересных взаимоотношений.
Омнитрикс обновляется и предоставляет ребёнку доступ к совершенно новым инопланетным формам. Вместо уже известных из первого мультсериала, персонажи используют новейших инопланетян, таких как Хромастон, Гуманоид, Мозговая атака и другие. Эти формы помогают нашему герою справляться с более сложными врагами, которых он встречает на своём пути.
Однако основной сюжет телесериала выходит далеко за рамки борьбы с Высшими пришельцами. Каждая серия углубляется в личные проблемы телегероев, исследуя их внутренние конфликты, вопросы морали и непростые решения, которые приходится принимать. Одновременно с этим, команда постоянно сталкивается с недругами, раскрывает секретную историю прибора, а также узнаёт о древних тайнах и угрозах, скрытых в неизвестных уголках вселенной.
