Сюжет начинается с того, что Нью-Йорк охвачен волной преступлений, на улицах царят хаос и беспредел. Ответственность за это лежит на зловещем клане Фут, организованной преступной группировке, которую возглавляет Шреддер. Клан специализируется на кражах, рэкете и нанимает молодежь для совершения преступлений.
В то же время в подводной канализационной системе города обитают четыре уникальных героя — мутировавшие черепашки-ниндзя: Леонардо, Рафаэль, Донателло и Микеланджело. Их наставник и мастер боевых искусств, Сплинтер, обучил их ниндзя-искусствам и все эти годы укрывал их от внешнего мира. Он был когда-то домашним любимцем мастера Хамато Йоши, и в результате воздействия мутагена он превратился в умного и мудрого крысу-воителя.
Однажды Черепашки спасают тележурналистку Эйприл О’Нил, которая становится свидетельницей деятельности альянса Фут. Она невольно оказывается вовлеченной в их тайную жизнь и борьбу. В ходе одного из сражений Рафаэль получает серьёзные ранения, и Черепашкам приходится временно укрыться на ферме, где они восстанавливают свои силы и планируют следующий шаг.
Во время их отсутствия Шреддер похищает Сплинтера и удерживает его в плену. Наши герои, собрав все свои умения и обратившись за помощью к новому союзнику по имени Кейси Джонс, решаются на решающую битву. Он — уличный боец, который использует спортивный инвентарь как оружие и имеет свою личную вендетту против Шреддера и фут-альянса.
