После событий предыдущего мультика жизнь Черепашек-мутантов наконец-то приобрела относительное спокойствие. Они продолжают тренировки под руководством своего мудрого наставника Сплинтера и проводят дни в своём подземном убежище, оставаясь в тени. Однако их спокойствие нарушается, когда их близкая подруга Эйприл О’Нил обнаруживает загадочный древний скипетр, купленный ею как подарок для Черепашек.
Этот скипетр является всемогущим артефактом, обладающим способностью перемещать людей сквозь время. В результате волшебного свечения Эйприл случайно переносится в XVII век, в феодальную Японию, во времена междоусобных войн. Неожиданно вместо неё в подземелье Черепашек оказывается Кеншин, сын местного даймё (правителя тогдашней страны), который использовал артефакт для побега из дворца.
Осознав, что подруга осталась в плену в прошлом, герои решают отправиться вслед за ней, чтобы спасти её. Они используют реликвию, оказываясь в центре масштабных событий — периода феодальной Японии, когда самураи и крестьянские восстания определяют судьбу страны. Братья попадают в противостояние между могущественным даймё Норинанагой и восставшими крестьянами, возглавляемыми отважной девушкой по имени Мицу.
В то время как наши герои пытаются адаптироваться к жизни в новом мире, они сталкиваются с большими сложностями: Рафаэль, например, находит себя тянущимся к простым людям и начинает задумываться о том, где его настоящее место. Микеланджело, в свойственной ему манере, становится любимцем среди детей в деревне благодаря своему чувству юмора и доброму сердцу. Вместе с тем у персонажей уходит немало времени на то, чтобы осознать, что их привычные методы решения конфликтов не всегда подходят в эпохе самураев.
Одновременно с этим героиня стремится сбежать из заточения Норинанаги, и здесь всё усложняется, так как в происходящее вмешивается англичанин Уокер — хитроумный наёмник, торгующий оружием. Он стремится извлечь выгоду из конфликта, поставляя современные мушкеты властителю, а его злодейские планы грозят поставить местных жителей на колени.
