Каждая серия — это отдельная история, эпически рассказывающая о противостоянии черепашек с угрозами, которые не всегда оказываются такими, какими кажутся на первый взгляд. После открытия загадочного артефакта, попавшего в руки Донни, братья-мутанты получают возможность путешествовать между мирами и временными линиями, погружаясь в незнакомые для них культуры и времена.
Сюжет каждой серии способен удивлять: начиная с воссоединения с древними легендами и мифами и заканчивая будущими технократичными утопиями и постапокалиптическими мирами. Благодаря этому, черепашкам приходится не только использовать свои боевые навыки, но и применить всю свою смелость, находчивость и братскую поддержку.
В мультсериале центральными темами остаются дружба, мужество и поиски смысла в каждом приключении. Братья продолжают расти и развиваться в личностном и командном плане. Леонардо учится принятию чужих идей, понимая, что лидерство требует гибкости. Рафаэль борется с внутренними демонами и находит своё место, когда доверием заменяется сила. Донателло стремится оценить баланс между технологиями и человеческими ценностями, тогда как Майки пытается внести свет и смех даже в самые тёмные и безнадёжные моменты.
Каждый из братьев сталкивается с новыми вызовами и принимает на вооружение уроки, которые даже самые необычные союзники готовы преподнести им. Новые необыкновенные друзья и таинственные враги бросают вызов динамике группы, проверяя их доверие и решимость.
Одной из центральных тем сериала становится появление мощного артефакта, который приводит к небывалому расширению возможностей героев. Это устройство не только дарит шанс путешествовать через пространства и времена, но и несёт внутри себя тайну, которую предстоит разгадать персонажам. Постоянные перемещения между реальностями приводят к увлекательным приключениям: от встреч с самураями прошлого до битв с высокоразвитыми андроидами будущего.