Сюжет начинается с выхода черепашек на поверхность Нью-Йорка после многих лет укрытия в подземельях. Они обучались у своего наставника и приёмного отца Сплинтера, разумной крысы, который сам в прошлом был человеком и мастером ниндзя по имени Хамато Йоши.
Основная линия повествования вращается вокруг сражений черепашек с могущественной преступной организацией, известной как Клан Фут, который возглавляет несокрушимый Шреддер. Эта организация представляет угрозу не только героям и их друзьям, но и всему миру. По мере развития сюжета выясняется, что у Сплинтера и Шреддера имеется личная история и давние разногласия, что добавляет драматизма и неожиданности.
Телегерои сталкиваются с многообразием врагов, среди которых мутанты, инопланетные захватчики из расы Краанг и другие злодеи, добавляя дополнительных интриг и приключений. С каждым сражением они открывают в себе новые силы, совершенствуются в боевых искусствах и сплачивают свои командные усилия. Важные роли в истории играют приятели героев: бесстрашная и энергичная Эйприл О’Нил и её друг Кейси Джонс. Эти персонажи помогают им на их пути, оказывая поддержку в каждом трудном моменте.