В центре сюжета находятся неутомимые детективы и любители загадок — Скуби-Ду, его племянник Скрэппи-Ду и их лучший друг Шэгги Роджерс. Вместе они вновь отправляются на поиски различных тайн и неразгаданных загадок, сталкиваясь с призраками, монстрами и другими сверхъестественными существами.
Их путешествия приводят в невероятные места: старые замки, мрачные леса, заброшенные фабрики и секретные лаборатории. Несмотря на все возникающие трудности, команда всегда готова прийти на помощь тем, кто оказался в беде. Вместе они решают головоломки, разгадать которые часто под силу только самым внимательным и находчивым.
Одним из ключевых нововведений в этом шоу является более активное участие Скрэппи-Ду в расследованиях. Наделенный смелостью и энтузиазмом, этот маленький, но очень целеустремленный щенок нередко помогает команде выходить из самых непростых ситуаций. Его оптимизм и храбрость приводят к множеству комичных моментов.
В каждой серии зрители могут наблюдать, как Скуби, Шэгги и Скрэппи распутывают клубок тайн, открывают неожиданные факты и разоблачают "призраков", которые оказываются преступниками, использующими страхи людей для своих коварных планов. Несмотря на частые комические ситуации и моменты паники, герои всегда проявляют изобретательность и хладнокровие, благодаря чему преступники пойманы.