История начинается с того, что Фред получает приглашение от своего старого друга Алехо Ортеги, который приглашает всю команду провести отпуск в своем доме в живописном городе Верхний Скорпион в Мексике. Воодушевленные возможностью сбежать от привычных тайн и просто отдохнуть, друзья с нетерпением отправляются в дальние края.
Однако сразу по прибытии в страну, они узнают о местной легенде, связанной с огромным существом, известным как Эль Чупакабра. Жители в страхе утверждают, что этот мифический монстр снова появился и стал угрожать безопасности города. С приближением Дня Мертвых городок всё больше погружается в панику, так как монстр оставляет всё больше следов своего присутствия.
Фред, Вельма, Дафна, Шэгги и Скуби решают, вместо того чтобы расслабляться, вступить в дело и помочь Алехо и другим жителям разобраться в том, что на самом деле происходит. Они начинают своё расследование, разбирая легенды о Чупакабре, исследуя городок и собирая всевозможные улики.
Группа товарищей сталкивается с рядом странных событий, которые только добавляют сумятицы в происходящее. Во время своего поиска они встречаются с различными персонажами: от местных старожилов, утверждающих, что видели чудовище лично, до сомнительных туристов, пробующих привлечь внимание загадочными историями. Всё это усложняет понимание настоящих мотивов и событий.