Сюжет следует традиционной структуре, знакомой поклонникам франшизы. Скуби-Ду, трусливый, но харизматичный немецкий дог, и его лучший друг, вечно голодный Шэгги Роджерс, вместе с решительными и сообразительными друзьями — Фредом Джонсом, Дафной Блейк и Вельмой Динкли — путешествуют по миру. Каждый новый эпизод переносит их в необычное место, где команда сталкивается с загадочными происшествиями, таинственными монстрами и легендарными существами, которые угрожают местным жителям.
Прибывая на место, ребята быстро понимают, что за кулисами монстров всегда скрывается что-то большее — человеческий заговор, алчность или желание сокрытия нелегальных деяний. Они берутся за расследование, используя свои таланты и ресурсы: Фред всегда придумывает планы поимки злодеев (с переменным успехом), Дафна пробует новые методы и гаджеты, Вельма анализирует улики, а Скуби и Шэгги... зачастую оказываются под рукой у чудовищ и успевают устроить немало веселых помех в планы всей компании.
Главное отличие мультсериала от своих предшественников заключается в добавлении современных элементов. Картина часто демонстрирует персонажей в окружении современных технологий: мобильных телефонов, ноутбуков и автомобилей, которые помогают им в расследованиях. Включены и юмористические отсылки на культуру того времени, что делает шоу ближе к молодой аудитории 2000-х.