В классическом стиле "Скуби-Ду", сюжет мультсериала всё так же вращается вокруг раскрытия таинственных происшествий и разоблачения тайн. Компания расследователей-призраков, состоящая из Скуби, его верного друга Шэгги, а также Дафны, Фреда и Велмы, встречается с новыми приключениями и загадочными событиями. Однако с приходом Скрэппи, структура и атмосфера шоу претерпевают некоторые изменения.
Скрэппи-Ду, племянник Скуби, добавляет в сериал свежую динамику и энергию. Этот маленький щенок с огромным сердцем является полной противоположностью своего трусливого дяди. Юный герой наполнен энтузиазмом, решимостью и готовностью бороться с любой опасностью, что создает множество комичных ситуаций и новых возможностей для сюжетных поворотов. Его знаменитая фраза "Щенячья сила!" стала знакомой и любимой многими поклонниками.
Каждый эпизод представляет собой отдельную историю, в которой команда встречает очередную загадку или монстра. Будь то старинное имение с призраками, зловещий замок или затаившийся злодей, "Мистическая корпорация" всегда готова к делу. Скрэппи, со своей смелостью и позитивным настроем, часто берет на себя активную роль в расследованиях, что иногда приводит к комическим, а иногда и по-настоящему героическим моментам.