История начинается, когда Скуби-Ду, Шэгги и остальные участники корпорации "Тайна" получают электронное письмо от своего давнего друга Эрика, который является студентом колледжа и занимается разработкой видеоигр. Парень приглашает их в свою лабораторию, чтобы показать свою последнюю работу — игру, основанную на приключениях команды. Главный антагонист — загадочный вирус, который получил способность влиять на реальный мир.
Прибыв в лабораторию, ребята удивляются, как много деталей из их прошлого опыта было оживлено на экране компьютера. Однако неожиданное событие ставит все с ног на голову: мистический вирус, способный приобретать физическую форму, вырывается из компьютерной программы в реальность. Он обладает невероятной силой и намерениями, которые могут привести к катастрофе. В панике Эрик предупреждает, что его невозможно остановить, пока он не будет уничтожен в виртуальном мире.
Теперь задача перед героями ясна: они должны войти внутрь игры и помешать вирусному злодею, прежде чем он причинит ещё больший вред. С помощью экспериментального устройства друзья переходят в цифровое измерение и оказываются в игровом пространстве — месте, наполненном совершенно иными законами и реальностью.
В этом мире члены группы сталкиваются с различными уровнями, которые требуют уникальных способностей и умения работать вместе. Они встречают виртуальные версии самих себя, что приводит к забавным и курьезным ситуациям. Каждый игровой этап погружает их в новую атмосферу — будь то доисторическая эра с динозаврами или футуристический мегаполис.