На этот раз Скуби-Ду и его друзья отправляются в путешествие, чтобы навестить сестру Велмы, Мэдлин. Она учится в Академии Верлон, престижной школе магии и искусств, расположенной на живописном острове. Известно, что выпускники академии становятся выдающимися иллюзионистами и магами. Однако недавно школа оказалась под угрозой из-за таинственных событий и опасности со стороны мифического грифона, который, по слухам, ожил и теперь похищает людей.
Когда группа товарищей прибывает в учебное заведение, они узнают, что грифон наводит ужас на студентов и преподавателей, пугая их и дестабилизируя обучение. Отважная группа берется разгадать загадку, пытаясь выяснить, кто или что стоит за мистическими явлениями. Их цель — вывести грозного зверя на чистую воду и вернуть спокойствие на островок.
В процессе расследования Шэгги и Скуби, как обычно, ввязываются в смешные и опасные ситуации, но показывают невероятное мужество. Фред, Дафна и Велма исследуют заведение, обнаруживая скрытые залы, старые легенды и заклинания, которые могут помочь разобраться в происходящем.
По мере продвижения следствия приятели начинают подозревать, что существо может быть частью заговора, направленного на закрытие образовательного учреждения. Каждый студент, учитель и сотрудник попадают под подозрение, в то время как команда раскрывает все больше тайн. Мэдлин играет важную роль в разгадке, используя свои знания в магии, чтобы оказать помощь героям.