История начинается, когда ребята из корпорации "Тайна" отправляются в очередное путешествие на своем фургоне. Однако в пустынной местности они застигнуты врасплох необычным явлением: на ночном небе появляется яркий свет, и на дорогу буквально приземляется неизвестный летающий объект! Момент выглядит жутко и завораживающе, а команда не только теряет управление фургоном, но и попадает в таинственное место, где тайны следуют одна за другой.
В маленьком пустынном городке, который действует словно магнит для НЛО-энтузиастов, наши герои начинают расследование. Оказывается, что здесь активно обсуждаются слухи о частых посещениях инопланетян, а местные жители неоднозначно реагируют на появление новых "детективов". Шэгги и Скуби, как обычно, жаждут только одной вещи — избежать неприятностей и найти еду, но судьба готовит им неожиданные сюрпризы.
После того как Скуби-Ду и Шэгги в одиночестве забредают в пустыню, они сталкиваются с самым настоящим инопланетным кораблем и двумя странными созданиями. В панике они бегут обратно к друзьям, уверяя их, что стали свидетелями нашествия пришельцев. Тем временем Дафна, Велма и Фред погружаются в детальное изучение происходящих здесь аномалий, находя улики, которые приводят их к секретной базе, окутанной завесой загадок.
Но на этом события только начинают закручиваться: телегерои встречают девушку-астронома Кристал и ее собаку, которые выглядят намного более дружелюбными, чем все остальные, и даже пробуждают в них чувство романтической привязанности. Однако вскоре становится ясно, что и они скрывают куда больше, чем кажется на первый взгляд.