Мультик начинается с путешествия команды «Корпорация Тайна» в Японию. Они отправляются туда, чтобы посетить уважаемую академию боевых искусств и принять участие в ежегодном состязании. Однако вскоре становится известно, что их поездка превратится в опасное приключение, когда одна из участниц турнира, Исики, рассказывает о легендарном Мече Рока-Бушидо. Древний артефакт обладает невероятной силой, и его местонахождение скрыто от большинства людей.
Но, как это часто бывает, на каждом шагу команду поджидают опасности. Вскоре после их прибытия на академию нападает таинственный Черный Самурай - дух давно погибшего воина, который охотится за мощным артефактом. Его цель - вернуть себе свою силу и управлять миром с помощью древнего Меча.
Тем временем, Шэгги и Скуби хотят насладиться японской культурой и гастрономическими изысками, но неизбежно оказываются втянутыми в эту опасную игру. Вместе с остальными они принимаются за расследование, полное напряженных моментов и неожиданных открытий. Каждому из друзей предстоит проявить отвагу и смекалку, исследуя старинные храмы, решая загадки и преодолевая испытания.