Действие начинается с приезда друзей в Кристальную Бухту, известную также как столица всех таинственных и необъяснимых явлений. Город имеет долгую историю загадок и тайн, что сразу привлекает внимание Фреда, Дафны, Велмы, Шэгги и, конечно же, Скуби-Ду. Именно здесь они решают создать детективное агентство «Корпорация Загадка», чтобы расследовать происходящие события и раскрыть все скрытые секреты.
По мере развития сюжета команда сталкивается с различными мистическими существами — от призраков до маскарадных злодеев. Но, в отличие от предыдущих мультсериалов, здесь каждый эпизод связывается единой аркой, которая пронизывает весь сезон. Основным тайным моментом стало исчезновение молодой пары детективов, работавших над неразрешённой тайной 20 лет назад. Эта история становится центральной ниткой, ведущей героев к раскрытию тайны, связанной с Бухтой.
Каждый из персонажей получает более глубокое раскрытие. Фред одержим разгадкой секретов и конструированием ловушек, Дафна борется с собственными чувствами к Фрэду и стремится доказать свою независимость, Велма демонстрирует свою мудрость и аналитический ум, тогда как Шэгги и Скуби остаются верными себе со своей любовью к еде и страстью к расследованиям, несмотря на их трусливость.