Мультсериал начинается с радикального поворота в судьбе героев — Шэгги получает неожиданное наследство от своего дяди Альберта, который, оказывается, был не обычным дальним родственником, а эксцентричным гением и изобретателем. Вместе с наследством Шэгги и Скуби находят огромный особняк, полный секретных лабораторий, технических устройств и высокотехнологичных изобретений. Однако самое удивительное открытие — это то, что их дядя исчез при таинственных обстоятельствах, а за всеми его разработками охотится один из самых злодейских гениев современности — доктор Файбс.
Он — злодей высшего уровня, руководящий мощной преступной организацией, которая мечтает захватить мир. Главная цель Файбса — заполучить формулу особой сыворотки, созданной Альбертом. Эта сыворотка обладает поразительными свойствами: попадая в организм, она дает невероятные физические и интеллектуальные способности. Помимо этого рецепта, в руках наших героев оказываются подсказки, ведущие к многочисленным тайным проектам пропавшего мужчины, которые могут либо спасти мир, или стать оружием в руках преступников.
Ключевые события сериала разворачиваются вокруг приключений Шегги и Скуби-Ду, которые решают продолжить дело своего родственника: предотвратить планы злодея, разгадать тайны унаследованных изобретений и выяснить, куда же бесследно он пропал. Вместо привычного расследования с призраками и монстрами, телегероев ждут совершенно новые испытания: погоня за шпионскими секретами, столкновения с роботами, злобными персонажами и технологическими ловушками.